Фонд отдела хранения включает книги по всем отраслям знаний; журналы и газеты с 1917 по 2004 гг. Краеведческий фонд, входящий в состав отдела хранения, представлен книгами, и периодическими изданиями XIX-XX веков.

Направления работы отдела:

• хранение и обеспечение безопасности основных и подсобных фондов книг, периодических и продолжающихся изданий;
• использование фондов с целью обслуживания читательских запросов;
• разработка организационных и методических решений по вопросам сохранения фондов

Воспользоваться изданиями из отдела книгохранения можно по заявке через отделы обслуживания.

В отделе книгохранения установлен аппарат для просмотра микрофильмов. На нем можно просмотреть как имеющиеся микрофильмы Астраханских газет XIX-нач. XX века, так и микрофильмы, полученные по межбиблиотечному абонементу.

В структуру отдела входят Сектор гигиены и реставрации и Сектор обменно-резервного фонда. Сектор гигиены осуществляет контроль за сохранностью фонда, за температурно-влажностным режимом в хранилище библиотеки, реставрирует и переплетает книги, журналы и газеты.

Сектор обменно-резервного фонда занимается:

• выявлением и приемом невостребованной, непрофильной и дублетной литературы как из фондов областной научной библиотеки, так и из фондов библиотек области всех систем и ведомств;
• приёмом литературы в дар библиотеке от населения и организаций;
• оказанием помощи в докомплектовании фондов библиотек: формирует тематические комплекты по заявкам, поступившим в обменно-резервный фонд;
• перераспределением документов среди отделов библиотеки;
• передачей (безвозмездно) литературы заинтересованным организациям:

1. учреждениям народного образования (школьным библиотекам, библиотекам училищ, колледжей);
2. учреждениям здравоохранения (школам-интернатам, коррекционным школам);
3. культурно-просветительным учреждениям (сельским и городским филиалам);
4. воинским учреждениям (военным коммисариатам, частям);
5. исправительным учреждениям.