Год образования – 1989.
Площадь — 412,9 тыс.га.
Заповедник находится в Тисульском и Новокузнецком р-нах Кемеровской области. Расположен в центральной части одноименного горного массива, охватывает хр. Тыдын (г.Б.Церковная — 1449 м. над ур. м., г.Чемодан — 1357 м), массивы г.Крестовой (1549 м над ур.м.)и г.Каным (1871 м над ур. м.) с истоками крупнейших притоков Оби — рек Томь и Чулым. Горная система Кузнецкого Алатау занимает около одной трети Кемеровской области. Не представляя собой единого хребта, она сочетает в себе горные массивы средней высоты, разобщенные глубокими речными долинами. Наибольшее расчленение Кузнецкого Алатау наблюдается в его южной части, в районе хребтов, расположенных в верховьях рек Усы, Черного и Белого Июса, Верхней и Средней Терсей. Распространены природные комплексы, характерные для переходной зоны между Западной и Восточной Сибирью. В настоящее время флора заповедника насчитывает 572 вида высших сосудистых растений, относящихся к 283 родам 80 семейств. В растительном покрове представлены высотные пояса от степного и лесостепного, до черневой тайги, альпийских лугов и высокогорной тундры. Лесом покрыто 253,6 тыс. га, площадь лугов — 15,2 тыс.га, водоемов — 1,6 тыс.га. Обычны марал, лось, косуля, соболь, местами кабарга. Постоянно обитает дикий северный олень, не совершающий миграций за пределы Кузнецкого Алатау. На территории имеется несколько заказников (Бельсинский, Белогорский, Усинский) и Томь-Усинский рекреационный район. Много памятников природы – гора Большой Таскыл, гора Верхний Зуб, карстовые озера, Алчуйские тремболиты, Пилы Тайгилсу, Каньон Скалистые горы, Красный Камень, Усинский карстовый район с пещерой, подземной рекой и озером.