Год образования – 1999.
Площадь - 267, 6 тыс. га.
Необходимость заповедования Хакасских степей остро возникла в 1970-х годах. В 1990 г. началось проектирование, и в августе 1991 года вышло постановление Совета Министров РФ "Об организации государственного природного заповедника "Чазы". Заповедник был организован на 7 участках в четырех административных районах. Позднее, в 1998 году, к заповеднику "Чазы" была присоединена дополнительная территория - "Озеро Улух-Коль". В конце 70-х гг. возникла угроза массовых лесоразработок в бассейне р. Малый Абакан. Республиканский заказник "Малый Абакан" был учреждён в 1980 г. На части территории заказника был создан заповедник "Малый Абакан". В ноябре 1999 года заповедники "Чазы" и "Малый Абакан" были объединены в один заповедник "Хакасский". В мае 2001 г. к нему был присоединён участок "Заимка Лыковых". На данный момент, заповедник состоит из 9 кластерных участков. Участок "Подзаплотные болота". Растительность представлена преимущественно степными фитоценозами. Участок "Озеро Беле". Растительность целиком принадлежит степному комплексу. По днищам логов разбросаны заросли черёмухи, боярышника, кизильника, караганы, спиреи. Участок "Озеро Шира". Растительность представлена в основном степными, залежными, луговыми и болотными формациями, встречаются тростниковые заросли. На территории участка "Озера Иткуль" расположено пять небольших слабоминерализованных озер и крупное озеро Иткуль. Территория заповедного участка являет собой редкое сочетание практически всех степных растительных сообществ Хакасии. Территория участка "Оглахты" занята каменистыми и мелкодерновидными степями. Встречаются участки луговой степи, суходольных лугов, растительности скал. По северным склонам гор распространены березовые перелески и заросли степных кустарников. Участок "Камызякская степь". Растительность представлена в основном мелкодерновинными степными ассоциациями. Травостой разрежённый и невысокий. Небольшими вкраплениями отмечаются солончаковые степи. Значительное место занято каменистой степью с различными стадиями развития от опустыненных до луговых. Участок "Хол-Богаз". Тип растительности степной и представлен крупнодерновинными и луговыми степными ассоциациями. Древесно-кустарниковая растительность представлена березовыми, лиственничными и смешанными берёзово-лиственничными лесами с хорошо развитым подлеском и травостоем. Участок "Малый Абакан." Растительность принадлежит лесному, луговому и тундровому типу. В настоящее время отмечено около 400 видов высших сосудистых растений. Участок "Заимка Лыковых" образован в мае 2001 года. Своеобразный микроклимат межгорной долины рек Каратош и Изерла, ландшафтное разнообразие, а также малоснежье (20-30 см) и обильная кормовая база создают оптимальные условия для зимовки диких животных, мигрирующих с прилежащих территорий на стыке границ трех республик (Хакасия, Тыва и Алтай). Участок считается эталоном дикой природы Западного Саяна. Растительный покров исследован не в полной мере. Все участки насыщены историческими памятниками.